(一)办公室。负责机关日常运转工作，承担综合性报告起草、文电、会务、机要、保密、档案、信访等工作；承担政务督查、政务信息、政务公开、宣传、社会治安综合治理、外事等工作；负责机关服务保障及国有资产管理工作。

(二)人事教育科。承担机关和所属单位的干部人事机构编制、劳动保护工作，指导全市交通运输行业人才队伍建设工作；负责全市交通运输行业教育管理工作，承担有关智力引进工作。

(三)综合规划科。会同有关部门组织拟订全市综合交通运输发展政策、组织编制综合交通运输体系规划，统筹衔接平衡公路规划，承担有关协调工作；组织拟订相关行业发展战略和规划，参与拟订全市物流业发展规划；承担有关规划和建设项目的审核工作；负责拟定全市公路固定资产投资规模和方向及国家、省、市财政性资金安排建议并监督实施；按市政府和省有关部门规定权限审批、核准国家、省、市规划内及年度计划规模内固定资产投资项目；负责全市公路工程建设项目设计审批；承担有关环境保护、外资利用、统计工作，监测分析交通运输运行情况并发布有关信息；承担辖区内国、省干线公路建设规划管理，负责辖区内农村公路建设规划管理工作。

(四)政策法规科。推进行业依法行政；承担机关有关规范性文件的合法性审查和清理工作；承担行政复议和行政应诉工作；指导行业信用管理工作；负责研究综合交通运输发展重大问题，承担综合交通运输体制改革有关工作；组织开展相关政策研究；负责组织综合性调研活动；承担辖区内道路运输(含危险品货物运输)、出租客运等行业及从业人员的证照核发和行为监督管理工作。

(五)财务审计科。参与拟订全市公路行业有关投融资政策；承担专项资金、预决算、政府采购、外资、信贷有关工作承担所属单位财务和资产监管及机关、所属单位内部审计工作；负责公路、运输场站市重点基本建设项目的绩效监督及内部审计工作；组织协调绿色通道、农机跨区作业等通行费减免工作。

(六)建设管理科。承担全市公路建设市场监管责任，拟订公路建设、维护相关政策、制度、技术标准并监督实施；承担或参与市重点公路工程施工许可、监督管理、竣工验收工作，指导全市公路建设、管理和维护工作；承担周口市交通运输局派出机构的公路重点工程安全生产监督管理工作；承担规划、管理全市交通工程质量监督及施工监理和全市交通工程质量鉴定、工程质量事故调查处理等工作。

(七)运输管理科。负责与有关部门建立综合交通运输体系协调配合机制，承担涉及综合交通运输体系的相关协调工作；承担全市道路运输管理工作，拟订相关政策、制度和标准并监督实施；指导全市有关道路运输安全生产监督管理工作；指导交通运输枢纽管理工作；指导运输结构调整及多式联运工作；指导公共汽车和轨道交通运营，出租汽车和汽车租赁等工作；指导公众出行路况信息服务和咨询工作；参与拟订全市物流业发展有关政策和标准，按规定负责道路物流市场有关管理工作；指导车辆维修、营运车辆综合性能检测、机动车驾驶员培训机构和驾驶员培训管理工作。

(八)安全监督科(应急办公室)。参与拟订全市公路安全生产应急预案并监督实施；指导有关安全生产和应急管理机制建设；承担有关道路运输企业安全生产监督工作，依法组织或参与有关事故调查处理工作；负责指导相关抢险救援工作；组织协调国家重点物资运输和紧急客货运输；负责有关安全生产培训工作；负责安全信息统计、分析、报送等工作。

(九)科技科。拟订交通运输行业科技、信息化政策并监督实施，指导行业网络安全工作，组织协调有关重大科技项目研究，承担行业有关标准、质量和计量工作，指导行业生态文明和节能减排工作；指导全市信息化管理工作和12328交通运输服务监督电话系统运行服务等信息化工程建设工作。

(十)执法监督科。贯彻行政执法相关政策、制度和技术标准并监督实施；负责道路运输管理中的货运源头治超工作；依法依规实行行政处罚、行政强制、监督检查；负责重大案件查处和跨区域执法的组织协调工作；统筹协调和监督指导交通运输行政执法工作；组织调用市县交通运输综合行政执法队伍人员力量；参与实施交通管制；负责全市高速公路、国家和省干线公路、农村公路执法管理工作以及超限超载运输治理工作；负责依据法律法规制止侵害路产路权的行为并责成相对人实施赔(补)偿和对经营性收费站进行行业监管工作。

机关党委。负责机关及指导所属单位的党群工作。

离退休干部科。负责机关离退休干部工作，指导所属单位的离退休干部工作。